主动快门式3D技术有残影少、3D效果突出的优点，而且该技术实现起来比较容易，屏幕成本较低，不论是电视、电脑屏幕还是投影机，只要更新频率能达到要求，就能导入这个技术，因此现在市面上大部份即将上市的 3D产品基本上都采用这个技术。

但该技术的缺点也有不少，首先就是亮度大打折扣，带上这种加入黑膜的3D眼镜后，实际亮度差不多能降低一半左右。再者主动式快门眼镜受到液晶层的限制，镜片面积也不能做得太大，对部份的人来说，特别是有戴眼镜的朋友会很容易看到四周粗粗的黑框。

主动快门式3D眼镜一直处于高速的开闭状态，长时间观看很容易造成人眼的疲劳，由于不同的帧变化间断时间和人的个体差异不同，眼镜的疲劳程度和大脑的劳累速度也是不同的，最严重的长时间观看可能引发呕吐等现象。另外因为我国的日光灯等发光设备频率跟3D眼镜开合频率不同，灯光设备对观看3D画面影响很大。

此外，限于3D眼镜的工作原理，还会引起所谓的“Crosstalk现象”，译成中文就是“串扰现象”，即眼镜快门的开合与左右图像是否完全同步，如果不能够完全同步将产生两幅影像之间的叠加，造成影像模糊，严重影响观看，即串扰现象。

还有就是观看角度问题，由于液晶电视面板和3D眼镜都是采用液晶分子材质，因为偏转角透光的特性，佩戴3D眼镜观看3D影像时只能水平观看，不能倾斜，否则就欣赏不到3D效果，甚至会因为液晶屏幕和3D眼镜液晶分子偏转角透光冲突造成全黑现象。

最后还有眼镜成本太高的缺点，目前市场上这种主动快门式3D眼镜的价格基本都在1000人民币以上，而且各个厂商推出的3D眼镜并不能通用，3D眼镜无论是讯号的接收，还是两边液晶的闪动都是要耗去电力的，因此主动式快门眼镜还要不时的充电。另外，3D眼镜的辐射问题也不能不关注，因为快门式3D眼镜为电子设备，镜片更是由液晶层做成，虽然功率都不大，但也肯定会产生辐射，再加上眼镜紧贴着眼睛，长时间佩戴可能对人眼造成伤害。